หน่วยเก็บความจำภายใน (Internal storage) ที่ติดตั้งมา PDA ทั้งหลาย หรือที่นิยมเรียกกันว่า main memory จะประกอบด้วยหน่วยความจำ 2 ส่วนคือ ROM และ RAM หน่วยความจำทั้งสองชนิดมีข้อดีข้อเสียแตกต่างกัน ผู้ผลิตเองก็ได้ปรับเปลี่ยนการใช้งานให้ได้ประสิทธิภาพสูงที่สุด
ROM เป็นคำย่อมาจาก “Read-Only Memory” ซึ่งหมายถึงหน่วยความจำที่ใช้อ่านได้อย่างเดียว เป็น memory chip ที่ทำหน้าที่เก็บแอปปลิเคชั่นและข้อมูลเป็นการถาวร และไม่ต้องใช้กระแสไฟฟ้าไปเลี้ยงระบบ ซึ่งแอปปลิเคชั่นและข้อมูลจะถูกเขียนหรือ burned เข้าไปในชิป โดยบริษัทผู้ผลิต ผู้ใช้จะไม่สามารถเปลี่ยนแปลงข้อมูลที่อยู่ในชิปได้ ถึงได้เรียกว่าอ่านอย่างเดียว (read-only)
RAM เป็นคำย่อของ “Random Access Memory” เป็น memory chips ที่จำเป็นของคอมพิวเตอร์ทั่ว ๆ ไป รวมทั้ง PDA ด้วย ส่วนของ RAM นี้ จะใช้สำหรับประมวลผลและเก็บไฟล์ข้อมูลชั่วคราว RAM มีความแตกต่างจาก ROM ในเรื่องของการเก็บรักษาข้อมูล RAM จำเป็นจะต้องมีกระแสไฟมาเลี้ยงเพื่อที่จะรักษาข้อมูลที่เก็บไว้ใน RAM Pocket PC รุ่นแรกๆ ก่อนที่จะใช้ระบบปฏิบัติการ Windows Mobile 5 จะใช้ RAM เก็บทั้งข้อมูลและโปรแกรม ดังนั้นผู้ใช้ PDA จำเป็นจะต้องคอยดูแลส่วนของแบตเตอรีไม่ให้กระแสไฟฟ้าหมด มิเช่นนั้น โปรแกรมและข้อมูลต่าง ๆ ที่เก็บไว้ใน RAM ก็จะหายไปทั้งหมด